Α. Ο Πρόεδρος της Ε.Κ.Α.Π.Υ. έχει τις εξής αρμοδιότητες:
1. προεδρεύει των συνεδριάσεων του Διοικητικού Συμβουλίου της Ε.Κ.Α.Π.Υ.., φέρει την ευθύνη για την επίτευξη των σκοπών του καθώς και για την εύρυθμη λειτουργία του.
2. καταρτίζει την ημερήσια διάταξη των συνεδριάσεών του και μεριμνά για τη πρόσκληση των μελών στις συνεδριάσεις.
3. μεριμνά για την εφαρμογή του συνόλου της νομοθεσίας που διέπει την Ε.Κ.Α.Π.Υ. και τις δημόσιες συμβάσεις εν γένει.
4. εισηγείται προς το Διοικητικό Συμβούλιο τα ζητήματα που απαιτούν νομοθετική ή κανονιστική ρύθμιση για τη βελτίωση της οργάνωσης και λειτουργίας της Ε.Κ.Α.Π.Υ.. καθώς και την τροποποίηση διατάξεων που αφορούν αυτή.
5. εγκρίνει τις εισηγήσεις των Διευθυντών των Διευθύνσεων για:
5.1 τις πράξεις που προβλέπουν οι σχετικές διατάξεις για το διορισμό προσωπικού, για κάθε είδους υπηρεσιακές μεταβολές και την άσκηση του πειθαρχικού ελέγχου.
5.2 την σύσταση επιτροπών και ομάδων εργασίας μετά από εισήγηση της οικείας Διεύθυνσης από υπαλλήλους του δημόσιου και ευρύτερου δημόσιου τομέα ή ιδιώτες για τη μελέτη και επεξεργασία θεμάτων της Ε.Κ.Α.Π.Υ..
6. όταν δημιουργείται άμεσος και προφανής κίνδυνος ή απειλείται άμεση ζημία των συμφερόντων της Ε.Κ.Α.Π.Υ.. ή και των συμφερόντων των φορέων του άρθρου 3 του παρόντος από την αναβολή λήψης απόφασης, ο Πρόεδρος μπορεί να αποφασίσει για θέματα που ανήκουν στην αρμοδιότητα του Διοικητικού Συμβουλίου. Στην περίπτωση αυτή οφείλει να υποβάλει προς έγκριση τη σχετική απόφαση του κατά την επόμενη συνεδρίαση του Διοικητικού Συμβουλίου.
7. συνυπογράφει τους βεβαιωτικούς καταλόγους και τα χρηματικά εντάλματα πληρωμής των δαπανών, οι οποίες έχουν εκκαθαριστεί από την αρμόδια υπηρεσία.
8. εκπροσωπεί τον Οργανισμό δικαστικώς και εξωδίκως. Με απόφαση του μπορεί να αναθέτει την αρμοδιότητα αυτή σε μέλος του Διοικητικού Συμβουλίου, σε δικηγόρο ή σε προϊστάμενο Διεύθυνσης της Ε.Κ.Α.Π.Υ..
9. υπογράφει κατόπιν εξουσιοδότησης του Διοικητικού Συμβουλίου συμβάσεις που συνάπτει η Ε.Κ.Α.Π.Υ. όπως και άλλου περιεχομένου έγγραφα.
Β. Ο Πρόεδρος δύναται με αποφάσεις του να μεταβιβάζει στον Αντιπρόεδρο και λοιπά μέλη του ΔΣ, που υπηρετούν με σχέση πλήρους και απασχόλησης στην Ε.Κ.Α.Π.Υ., αρμοδιότητες καθώς και να αναθέτει ειδικά καθήκοντα σε Προϊσταμένους Διευθύνσεων.