1. Το Διοικητικό Συμβούλιο της Ε.Κ.Α.Π.Υ.. έχει τις κάτωθι αποφασιστικές αρμοδιότητες:
1.1. καθορίζει την δράσης της Ε.Κ.Α.Π.Υ..
1.2. εισηγείται προς τον Υπουργό Υγείας, τα αναγκαία νομοθετικά μέτρα για την επίτευξη των σκοπών της Ε.Κ.Α.Π.Υ.. και για τη βελτίωση της οργάνωσης και λειτουργίας της.
1.3. εγκρίνει τον προϋπολογισμό, απολογισμό και ισολογισμό της Ε.Κ.Α.Π.Υ. κάθε οικονομικού έτους, καθώς και τις απαιτούμενες τροποποιήσεις του προϋπολογισμού που απαιτούνται κατά την εκτέλεσή του.
1.4. διαχειρίζεται την περιουσία της Ε.Κ.Α.Π.Υ..
1.5. αποφασίζει την αναγκαιότητα για την ανάθεση προμηθειών, παροχής υπηρεσιών, εκπόνησης μελετών και εκτέλεσης έργων της Ε.Κ.Α.Π.Υ. και εξουσιοδοτεί τον Πρόεδρο για την υπογραφή των σχετικών συμβάσεων.
1.6. αποφασίζει για την έγκριση των δαπανών και τη διάθεση των πιστώσεων του προϋπολογισμού.
1.7. αποφασίζει για τη δικαστική ή εξώδικη επιδίωξη αξιώσεων της Ε.Κ.Α.Π.Υ.. ή υπεράσπιση των συμφερόντων αυτής.
1.8. εισηγείται τον Οργανισμό της.
1.9. μεριμνά για τη στέγαση των υπηρεσιών της.
1.10 εγκρίνει το περιεχόμενο και τη λειτουργία της Ενιαίας Τράπεζας Δεδομένων Προμηθειών Υγείας (Ηλεκτρονικής Πλατφόρμας).
1.11 εγκρίνει τον Στρατηγικό Σχεδιασμό για την κεντρικοποιημένη προμήθεια Προϊόντων και Υπηρεσιών Υγείας εκάστου έτους του άρθρου 7 του παρόντος καθώς και τις τυχόν τροποποιήσεις του.
1.12 εγκρίνει τους όρους των διακηρύξεων, τη διαδικασία ανάθεσης των δημοσίων συμβάσεων προμηθειών και υπηρεσιών για τους διαγωνισμούς που η Ε.Κ.Α.Π.Υ. αναλαμβάνει κεντρικά, τη διεξαγωγή και τη κατακύρωση όλων των δημοπρασιών και των λοιπών διαδικασιών ανάθεσης σύμφωνα με τα προβλεπόμενα στον ν. 4412/2016 (Α’147)
1.13 παρακολουθεί την εκτέλεση των συμβάσεων και εξασφαλίζει τον εφοδιασμό των φορέων του άρθρου 3 εγκρίνει τους μηχανισμούς εσωτερικής διακίνησης αδρανών αποθεμάτων προϊόντων.
1.16 επικυρώνει τα πρακτικά των κληρώσεων για το διορισμό των μελών των συλλογικών οργάνων της .
2. Με απόφαση του Υπουργού Υγείας, κατόπιν εισήγησης του Διοικητικού Συμβουλίου της Ε.Κ.Α.Π.Υ.. δύναται να εξειδικεύονται οι αρμοδιότητες του Διοικητικού Συμβουλίου της, καθώς και να τροποποιούνται ή αφαιρούνται ήδη υφιστάμενες.