1. Το Διοικητικό Συμβούλιο (Δ.Σ.) του Ε.Ο.Δ.Υ. είναι το ανώτατο όργανο της Διοίκησης και αποφασίζει για όλα τα ζητήματα που αφορούν τον Οργανισμό στα πλαίσια των σκοπών του, σύμφωνα με το ισχύον εκάστοτε θεσμικό και νομικό πλαίσιο.
Ειδικότερα, το Δ.Σ. του Ε.Ο.Δ.Υ.:
α) Χαράσσει την επιστημονική δραστηριότητα του Οργανισμού.
β) Αποφασίζει για κάθε θέμα που αφορά στη διοίκηση και διαχείριση της περιουσίας, των πόρων και των δαπανών του νομικού προσώπου, στη δραστηριότητά του και στην εν γένει λήψη αποφάσεων και μέτρων, για την εκπλήρωση του σκοπού και του αντικειμένου του.
γ) Προβαίνει στη σύσταση επιστημονικών επιτροπών.
δ) Συντάσσει και τροποποιεί τον εσωτερικό κανονισμό λειτουργίας του Ε.Ο.Δ.Υ.
ε) Εγκρίνει τον προϋπολογισμό και τον απολογισμό και κατανέμει τις πιστώσεις του.
2. Χρέη εισηγητή προς το Δ.Σ. εκτελεί ο Πρόεδρος ή ο Αντιπρόεδρος ή άλλο μέλος το οποίο ορίζεται από τον Πρόεδρο. Χρέη εισηγητή προς το Δ.Σ. μπορεί να εκτελεί επίσης ο Γενικός Επιστημονικός Διευθυντής ή ο Γενικός Διοικητικός Διευθυντής, εφόσον κάτι τέτοιο ορίζεται από τον Πρόεδρο.
Η σύσταση επιστημονικών επιτροπών από διορισμένο ΔΣ από τον εκάστοτε υπουργό επιτρέπει την κομματικοποίηση του εξαιρετικά ευαίσθητου τομέα της Δημόσιας Υγείας.
Προτείνεται στην σύσταση επιστημονικών επιτροπών να υπάρχει συμμετοχή ιατρών παγκόσμιου κύρους ειδικά σε επιστημονικούς κλάδους που δεν υπάρχουν καθόλου στην Ελλάδα όπως η Πλαστική Χειρουργική Προσώπου.