Οι πόροι του ΟΔΙΠΥ Α.Ε. είναι:
α) η ετήσια επιχορήγηση από τον τακτικό προϋπολογισμό του Υπουργείου Υγείας,
β) οι δωρεές, οι κληρονομίες, τα κληροδοτήματα, οι εισφορές και επιχορηγήσεις από τρίτους και τα έσοδα από κάθε είδους δραστηριότητα ή οι πρόσοδοι από την κινητή και ακίνητη περιουσία του,
γ) τα έσοδα από τη διαχείριση ερευνητικών κονδυλίων, αναπτυξιακών και εκπαιδευτικών προγραμμάτων και προγραμμάτων εταιρικής κοινωνικής ευθύνης που προέρχονται από τη χρηματοδότηση αντίστοιχων προγραμμάτων,
δ) τα έσοδα από την υλοποίηση προγραμμάτων που χρηματοδοτούνται ή συγχρηματοδοτούνται από την Ευρωπαϊκή Ένωση ή άλλους διεθνείς οργανισμούς,
ε) τα έσοδα που προέρχονται από την παροχή των υπηρεσιών του ΟΔΙΠΥ Α.Ε. προς δημόσιους και ιδιωτικούς φορείς. Το ύψος της αποζημίωσης για τις παρεχόμενες υπηρεσίες που καταβάλλονται για την παροχή των υπηρεσιών του ΟΔΙΠΥ Α.Ε. καθορίζεται με απόφαση του Υπουργού Υγείας, μετά από τη σχετική εισήγηση του ΔΣ του ΟΔΙΠΥ Α.Ε..