Ο Εσωτερικός Κανονισμός Λειτουργίας της Εθνικής Κεντρικής Αρχής Προμηθειών Υγείας (Ε.Κ.Α.Π.Υ.) ρυθμίζει την αποστολή της Ε.Κ.Α.Π.Υ., καθώς και την ειδικότερη διάρθρωση των υπηρεσιών της σε οργανικές μονάδες, τις αρμοδιότητες και τον τρόπο στελέχωσής τους, το σύνολο των οργανικών θέσεων του προσωπικού, την κατανομή αυτών κατά εργασιακή σχέση, κατηγορία, κλάδο και ειδικότητα, καθώς και τα τυπικά προσόντα διορισμού ή πρόσληψης κατά κλάδο και ειδικότητα, τη γενική περιγραφή καθηκόντων κάθε θέσης ευθύνης και κάθε ειδικότερο θέμα για την εσωτερική οργάνωση και λειτουργία της Ε.Κ.Α.Π.Υ..