Το Διοικητικό Συμβούλιο (Δ.Σ.) είναι αρμόδιο για:
α) Τη συζήτηση και τη λήψη απόφασης για κάθε ζήτημα που αφορά στον Φαρμακευτικό Σύλλογο και εμπίπτει στους σκοπούς του, εκτός από εκείνα που έχουν ανατεθεί στην αρμοδιότητα άλλου οργάνου,
β) την εκλογή σε σώμα του Διοικητικού Συμβουλίου,
γ) την έγκριση και υποβολή προς ψήφιση από τη Γενική Συνέλευση του ετήσιου προϋπολογισμού των εσόδων και των εξόδων και του απολογισμού,
δ) την εποπτεία επί της προσήκουσας και αξιοπρεπούς άσκησης του επαγγέλματος εκ μέρους των μελών του Φαρμακευτικού Συλλόγου,
ε) τον διακανονισμό των διαφορών μεταξύ των μελών και τη συμβιβαστική επίλυση επί διαφορών μεταξύ φαρμακοποιών και πελατών, αλλά μόνον με έγγραφη αίτηση των τελευταίων,
στ) τη διαχείριση των οικονομικών και της περιουσίας των Φαρμακευτικών Συλλόγων.
2. Για την εύρυθμη λειτουργία των Φαρμακευτικών Συλλόγων, το Δ.Σ. τους δύναται να προβαίνει στη σύναψη συμβάσεων ιδιωτικού δικαίου ορισμένου και αορίστου χρόνου, καθώς και συμβάσεων παροχής υπηρεσιών, για την παροχή εξειδικευμένων υπηρεσιών, κατόπιν ειδικώς αιτιολογημένης απόφασής του.