- Για τη βέλτιστη και αποτελεσματική λειτουργία του Ε.Ο.Π.Α.Ε., συστήνεται Πληροφοριακό Σύστημα Προγραμμάτων (Π.Σ.Π.), το οποίο λειτουργεί ως υποσύστημα του Πληροφοριακού Συστήματος Επιδημιολογικής Παρακολούθησης και Θεραπευτικής Διαχείρισης του άρθρου 57.
- Για το υποσύστημα της παρ. 1 ορίζονται ως εκτελούντες την επεξεργασία η «Η.ΔΙ.Κ.Α. Α.Ε.», για την υλοποίησή του, και ο Ε.Ο.Π.Α.Ε. για την καταχώριση των στοιχείων που είναι αναγκαία για τη λειτουργία του και την αποδοχή και επιβεβαίωση των καταχωρημένων δεδομένων.
- Το Π.Σ.Π. του Ε.Ο.Π.Α.Ε. αποτελεί ενιαίο σύστημα καταγραφής και παρακολούθησης των δεδομένων των ωφελούμενων του Οργανισμού, όπως αυτά προσδιορίζονται στην παρ. 1 του άρθρου 57, σύμφωνα με τον Κανονισμό (ΕΕ) 2016/679 του Ευρωπαϊκού Κοινοβουλίου και του Συμβουλίου της 27ης Απριλίου 2016 για την προστασία των φυσικών προσώπων έναντι της επεξεργασίας των δεδομένων προσωπικού χαρακτήρα και για την ελεύθερη κυκλοφορία των δεδομένων αυτών και την κατάργηση της οδηγίας 95/46/ΕΚ (L119, Γενικός Κανονισμός για την Προστασία Δεδομένων), με σκοπό την επίτευξη της βέλτιστης συνέργειας των δομών και υπηρεσιών του και τη συντονισμένη και αποτελεσματική διασύνδεση και διαλειτουργικότητα των προγραμμάτων του.