Στον Ε.Ο.Π.Α.Ε. συστήνονται τα εξής Αυτοτελή Τμήματα, τα οποία υπάγονται απευθείας στον Πρόεδρο του Δ.Σ.:
α) Αυτοτελές Τμήμα Προστασίας Δικαιωμάτων Ληπτών Υπηρεσιών,
β) Αυτοτελές Τμήμα Υποστήριξης Ανώτερης Διοίκησης,
γ) Αυτοτελές Τμήμα Δημοσίων Σχέσεων
δ) Αυτοτελές Τμήμα Διαχείρισης Κινδύνων και
ε) Αυτοτελές Γραφείο Υπευθύνου Προστασίας, σύμφωνα με την παρ. 1 του άρθρου 37 του Κανονισμού (ΕΕ) 2016/679 του Ευρωπαϊκού Κοινοβουλίου και του Συμβουλίου της 27ης Απριλίου 2016 για την προστασία των φυσικών προσώπων έναντι της επεξεργασίας των δεδομένων προσωπικού χαρακτήρα και για την ελεύθερη κυκλοφορία των δεδομένων αυτών και την κατάργηση της οδηγίας 95/46/ΕΚ (L119, Γενικός Κανονισμός για την Προστασία Δεδομένων). Ο υπεύθυνος προστασίας δεδομένων μπορεί να είναι μέλος του προσωπικού του Ε.Ο.Π.Α.Ε. ή να ασκεί τα καθήκοντά του βάσει σύμβασης παροχής υπηρεσιών.