- Με τον Εσωτερικό Κανονισμό Οργάνωσης και Λειτουργίας του Ε.Ο.Π.Α.Ε. ρυθμίζονται ιδίως:
α) η σύσταση, η τροποποίηση, η κατάργηση ή η συγχώνευση και γενικώς η διάρθρωση σε επιμέρους οργανικές μονάδες του Οργανισμού, οι αρμοδιότητες αυτών, η στελέχωση, καθώς και ο τρόπος λειτουργίας των επιμέρους ιατρικών, νοσηλευτικών, διοικητικών και λοιπών υπηρεσιών,
β) το σύνολο των οργανικών θέσεων του προσωπικού, η κατανομή αυτών κατά εργασιακή σχέση, κατηγορία, κλάδο και ειδικότητα, καθώς και τα τυπικά προσόντα διορισμού ή πρόσληψης κατά κλάδο και ειδικότητα, σύμφωνα με το π.δ. 85/2022 (Α΄232), η γενική περιγραφή αρμοδιοτήτων και καθηκόντων που αντιστοιχούν σε κάθε θέση εργασίας και σε κάθε θέση ευθύνης και η υπηρεσιακή κατάσταση των εργαζόμενων του Οργανισμού,
γ) κάθε θέμα που αφορά στην οργάνωση και λειτουργία του Οργανισμού, καθώς και στη διαδικασία λήψης αποφάσεων των μονομελών και συλλογικών οργάνων και επιτροπών του,
δ) η διαδικασία και οι προϋποθέσεις επιλογής προϊσταμένων των οργανικών μονάδων του Οργανισμού, σύμφωνα με τα το άρθρο 49,
ε) η διαδικασία και τα όργανα άσκησης πειθαρχικού ελέγχου, τα πειθαρχικά παραπτώματα και οι πειθαρχικές ποινές καθώς και κάθε συναφές με τον πειθαρχικό έλεγχο θέμα για όλο το προσωπικό και
στ) κάθε θέμα που αφορά στη σύνθεση, τη λειτουργία και τις αρμοδιότητες του Επιστημονικού Συμβουλίου του άρθρου 41.
- Στον Εσωτερικό Κανονισμό Οργάνωσης και Λειτουργίας της παρ. 1 ρυθμίζεται κάθε άλλη λεπτομέρεια, που δεν προβλέπεται από τον παρόντα νόμο και είναι απαραίτητη για την επίτευξη των σκοπών του Οργανισμού.