Ο Ε.Ο.Π.Α.Ε. απαλλάσσεται από κάθε δημόσιο, δημοτικό και δικαστικό τέλος, τέλος υπέρ Κτηματολογίου / Υποθηκοφυλακείου, τέλος ακίνητης περιουσίας, πλην του τέλους χαρτοσήμου, καθώς και από κάθε εισφορά υπέρ τρίτων, δικαίωμα ή κράτηση και απολαύει όλων των δασμολογικών ατελειών και φορολογικών απαλλαγών και ευεργετημάτων που ισχύουν για τα δημόσια νοσηλευτικά ιδρύματα. Στις απαλλαγές αυτές δεν συμπεριλαμβάνονται οι εισφορές υπέρ ασφαλιστικών ταμείων κύριας και επικουρικής ασφάλισης. Ως προς την απαλλαγή από τον Ενιαίο Φόρο Ιδιοκτησίας Ακινήτων (ΕΝ.Φ.Ι.Α.) εφαρμόζεται η περ. β) της παρ. 1 του άρθρου 3 του ν. 4223/2020 (Α΄ 287). Ως προς τον φόρο εισοδήματος εφαρμόζεται ο Κώδικας Φορολογίας Εισοδήγματος (ν. 4172/2013, Α΄ 167).