- Η τήρηση των λογιστικών βιβλίων και η σύνταξη των προβλεπόμενων χρηματοοικονομικών καταστάσεων του Ε.Ο.Π.Α.Ε. πραγματοποιείται σύμφωνα με τα Ελληνικά Λογιστικά Πρότυπα (Ε.Λ.Π.), όπως αυτά ορίζονται στον ν. 4308/2014 (Α΄ 251).
- Το διαχειριστικό έτος του Ε.Ο.Π.Α.Ε. συμπίπτει με το οικονομικό έτος.
- Ο τακτικός έλεγχος της οικονομικής διαχείρισης του Ε.Ο.Π.Α.Ε., καθώς και ο έλεγχος των χρηματοοικονομικών καταστάσεων, σύμφωνα με τα Ελληνικά Λογιστικά Πρότυπα (Ε.Λ.Π.), πραγματοποιούνται κάθε έτος από ορκωτούς ελεγκτές. Οι δαπάνες του ελέγχου βαρύνουν τον προϋπολογισμό του Ε.Ο.Π.Α.Ε.. Με απόφαση του Διοικητικού Συμβουλίου του Ε.Ο.Π.Α.Ε. καθορίζονται οι ορκωτοί ελεγκτές κάθε οικονομικής χρήσης.
- Ο έλεγχος διενεργείται με βάση τα παραστατικά που προβλέπονται από τα Ε.Λ.Π., καθώς και τις αποφάσεις του Διοικητικού Συμβουλίου του Ε.Ο.Π.Α.Ε..
- Οι ορκωτοί ελεγκτές που ασκούν τον τακτικό έλεγχο οικονομικής διαχείρισης του Οργανισμού συντάσσουν έκθεση για τη διαχείριση και τον απολογισμό του διαχειριστικού έτους που έληξε. Οι εκθέσεις υποβάλλονται στον Υπουργό Υγείας και το Διοικητικό Συμβούλιο του Οργανισμού.
6. Η κατάσταση του απολογισμού εξόδων περιλαμβάνει τον προϋπολογισμό, την τελική διαμόρφωσή του, τις ετήσιες συνολικές δεσμεύσεις, τα έξοδα που έχουν λογισθεί στο έτος, τα έξοδα που έχουν εξοφληθεί, καθώς και τα απλήρωτα έξοδα. Στον απολογισμό των εσόδων περιλαμβάνονται ο προϋπολογισμός, η τελική διαμόρφωση, τα έσοδα που έχουν λογισθεί, τα έσοδα που έχουν εισπραχθεί και τα ανείσπρακτα έσοδα.