Οι αρμοδιότητες των Προϊσταμένων των Γενικών Διευθύνσεων του Ε.Ο.Π.Υ. είναι οι εξής:
α. Ο προγραμματισμός των δραστηριοτήτων του Οργανισμού, ο συντονισμός της λειτουργίας του, καθώς και η αξιολόγηση του κόστους και της ποιότητας των αποτελεσμάτων των οργανικών τους μονάδων.
β. Η εξειδίκευση, συγκριτική ανάλυση και αξιολόγηση της ακολουθούμενης πολιτικής και η διατύπωση εναλλακτικών προτάσεων και εισηγήσεων προς τα υπερκείμενα όργανα.
γ. Η εξασφάλιση συνεργασίας, συντονισμού και επικοινωνίας με άλλα Υπουργεία και λοιπούς φορείς του δημόσιου τομέα στο χώρο της ευθύνης τους.
δ. Η αξιολόγηση των προϊσταμένων των οργανικών μονάδων, σύμφωνα με τις διατάξεις του Π.Δ. 318/1992, όπως ισχύει κάθε φορά.
ε. Η προσυπογραφή των εγγράφων που υπογράφονται από τα υπερκείμενα όργανα.
στ. Η άσκηση οποιωνδήποτε άλλων καθηκόντων, τα οποία τους ανατίθενται από τα υπερκείμενα όργανα.
ζ. Ο συντονισμός και η βελτίωση της λειτουργίας των περιφερειακών υπηρεσιών με προτάσεις και οδηγίες, καθώς και η εποπτεία ως προς τη νομότυπη, παραγωγική και αποτελεσματική λειτουργία τους και την εφαρμογή των κειμένων διατάξεων και εγκύκλιων οδηγιών.
