Οι αρμοδιότητες του Διοικητικού Συμβουλίου του Ε.Ο.Π.Υ. είναι οι εξής:
1. Καθορίζει την πολιτική δράσης του και αποφασίζει για όλα τα ζητήματα οργάνωσης και διαχείρισης του Οργανισμού προς εκπλήρωση των σκοπών του, σύμφωνα με την ισχύουσα νομοθεσία.
2. Εισηγείται προς τα εποπτεύοντα Υπουργεία νομοθετικά μέτρα απαραίτητα για τη βελτίωση της οργάνωσης και λειτουργίας του Ε.Ο.Π.Υ., καθώς και για τη βελτίωση ή τροποποίηση των καταστατικών διατάξεων αυτού.
3. Εγκρίνει τον προϋπολογισμό, απολογισμό και ισολογισμό εκάστου οικονομικού έτους, καθώς και τις απαιτούμενες τροποποιήσεις του προϋπολογισμού κατά την εκτέλεσή του.
4. Διαχειρίζεται την περιουσία του Ε.Ο.Π.Υ., σύμφωνα με τις εκάστοτε ισχύουσες διατάξεις.
5. Αποφασίζει για την επενδυτική πολιτική και την εν γένει αξιοποίηση των κεφαλαίων, της κινητής και ακίνητης περιουσίας, σύμφωνα με όσα ειδικότερα ορίζονται από την εκάστοτε ισχύουσα νομοθεσία.
6. Αποφασίζει τη σύναψη συμβάσεων με τους παρόχους υγείας, ήτοι θεραπευτήρια, ιδιωτικές κλινικές, διαγνωστικά κέντρα, κέντρα αποκατάστασης – αποθεραπείας, φαρμακοποιούς, ιατρούς.
7. Αποφασίζει για την εκτέλεση έργων, την εκπόνηση μελετών, την παροχή υπηρεσιών από τρίτους, φυσικά πρόσωπα ή νομικά πρόσωπα δημοσίου δικαίου ή ομάδες εργασίας, εξουσιοδοτώντας τον Πρόεδρο για την υπογραφή των σχετικών συμβάσεων, σύμφωνα με τις διατάξεις της κείμενης νομοθεσίας.
8. Αποφασίζει για κάθε θέμα σχετικά με τη δικαστική επιδίωξη οιασδήποτε αξιώσεως υπέρ ή κατά του Ε.Ο.Π.Υ. σε κάθε δικαστήριο ανεξαρτήτως βαθμού και δικαιοδοσίας.
9. Εγκρίνει κάθε είδους δαπάνη, για τη διενέργεια διαγωνισμών για την προμήθεια αγαθών, υπηρεσιών και εκτέλεση έργων, σύμφωνα με τον κανονισμό προμηθειών του Ε.Ο.Π.Υ.
10. Εξετάζει και αποφασίζει για την περαίωση των εκκρεμών κατά την έναρξη λειτουργίας του Ε.Ο.Π.Υ. υποθέσεων των εντασσόμενων Φορέων και Κλάδων.
Αρμοδιότητες του Διοικητικού Συμβουλίου δύναται με απόφαση των αρμόδιων υπουργών να μεταβιβάζονται στον Πρόεδρο ή στα μέλη αυτού ή σε Προϊσταμένους υπηρεσιών του Ε.Ο.Π.Υ.
