Ο Πρόεδρος του Διοικητικού Συμβουλίου έχει τις εξής αρμοδιότητες:
α. Ασκεί τη διοίκηση του Οργανισμού.
β. Μεριμνά για την εφαρμογή των σχετικών νόμων, κανονιστικών πράξεων και κανονισμών.
γ. Έχει την ευθύνη της δράσης και της εν γένει εύρυθμης λειτουργίας του Οργανισμού.
δ. Εποπτεύει και συντονίζει τις Υπηρεσίες της ΥΠ.Ε.Δ.Υ.Φ.Κ.Α.
ε. Εισηγείται προς το Δ.Σ. τα μέτρα που απαιτούν νομοθετική ρύθμιση για τη βελτίωση της οργάνωσης και λειτουργίας του Ε.Ο.Π.Υ. καθώς και την τροποποίηση διατάξεων που αφορούν τον Οργανισμό.
στ. Εκπροσωπεί τον Οργανισμό δικαστικώς και εξωδίκως έναντι παντός και δύναται δε, με απόφασή του, να αναθέτει την εκπροσώπηση του Οργανισμού επί συγκεκριμένων υποθέσεων σε μέλος του Δ.Σ., σε δικηγόρο του Οργανισμού ή σε Προϊστάμενο Γενικής Διεύθυνσης ή Διεύθυνσης.
ζ. Αναθέτει μετά από σχετική απόφαση του Δ.Σ. σε τρίτους τη μελέτη για αντιμετώπιση θεμάτων του Οργανισμού.
η. Υπογράφει κατ’ εξουσιοδότηση του Δ.Σ. τις διάφορες συμβάσεις του Οργανισμού, καθώς και τα αποφασιστικής σημασίας εξερχόμενα έγγραφα.
θ. Αναθέτει τη διενέργεια τακτικών ή έκτακτων επιθεωρήσεων και ελέγχων των οργανικών μονάδων του Οργανισμού ως προς την εφαρμογή των κείμενων διατάξεων.
ι. Αναθέτει σε έναν εκ των μεταφερόμενων με την παρ. 1 του άρθρου 26 του παρόντος νόμου δικηγόρο, κύρια και αποκλειστικά τη νομική υποστήριξη των Υπηρεσιών της ΥΠ.Ε.Δ.Υ.Φ.Κ.Α., την παροχή νομικών οδηγιών και κατευθύνσεων καθώς και γνωμοδοτήσεων επί θεμάτων νομικής φύσεως.