- Τα πειθαρχικά όργανα του Σ.Δ.Δ.Ε. είναι το Πρωτοβάθμιο Πειθαρχικό Συμβούλιο και το Ανώτατο Πειθαρχικό Συμβούλιο, τα οποία εδρεύουν στην Αθήνα.
- Το Πρωτοβάθμιο Πειθαρχικό Συμβούλιο αποτελείται από πέντε (5) τακτικά και ισάριθμα αναπληρωματικά μέλη και συγκροτείται με απόφαση του Κεντρικού Διοικητικού Συμβουλίου (Κ.Δ.Σ.) του Σ.Δ.Δ.Ε.. Καθήκοντα Προέδρου ασκεί το μέλος με τα περισσότερα έτη άσκησης του επαγγέλματος του διαιτολόγου – διατροφολόγου. Όλα τα μέλη του είναι διαιτολόγοι – διατροφολόγοι, μέλη του Σ.Δ.Δ.Ε., που κληρώνονται δημόσια εντός του μηνός Δεκεμβρίου κάθε δεύτερου έτους, από το Κ.Δ.Σ. του Σ.Δ.Δ.Ε. Ο Γραμματέας του Πρωτοβάθμιου Πειθαρχικού Συμβουλίου, ορίζεται με την απόφαση συγκρότησης του πρώτου εδαφίου. Η θητεία των μελών του Πρωτοβάθμιου Πειθαρχικού Συμβουλίου είναι διετής και αρχίζει την 1η Ιανουαρίου του επόμενου της κλήρωσης έτους.
- Το Ανώτατο Πειθαρχικό Συμβούλιο αποτελείται από πέντε (5) τακτικά και ισάριθμα αναπληρωματικά μέλη και συγκροτείται με απόφαση του Υπουργού Υγείας. Ο Πρόεδρος του Ανώτατου Πειθαρχικού Συμβουλίου είναι δικαστής με βαθμό Εφέτη τακτικού διοικητικού δικαστηρίου, που ορίζεται, με τον αναπληρωτή του, από τον Πρόεδρο του Τριμελούς Συμβουλίου Διεύθυνσης του Διοικητικού Εφετείου Αθηνών, έπειτα από αίτηση του Σ.Δ.Δ.Ε. Τα υπόλοιπα μέλη του είναι διαιτολόγοι – διατροφολόγοι, μέλη του Σ.Δ.Δ.Ε., που κληρώνονται δημόσια εντός του μηνός Νοεμβρίου κάθε δεύτερου έτους από το Κεντρικό Διοικητικό Συμβούλιο από κατάλογο, ο οποίος συντάσσεται με απόφαση του Κ.Δ.Σ. και στον οποίο εντάσσονται διαιτολόγοι – διατροφολόγοι, μέλη του Σ.Δ.Δ.Ε. με δεκαετή τουλάχιστον άσκηση του επαγγέλματος, σε αριθμό δεκαπλάσιο του προς κλήρωση αριθμού μελών. Χρέη Γραμματέα του Ανώτατου Πειθαρχικού Συμβουλίου, ασκεί μέλος του Κ.Δ.Σ., που ορίζεται κατ’ έτος με τα καθήκοντα αυτά. Η θητεία των μελών του Ανώτατου Πειθαρχικού Συμβουλίου είναι διετής και αρχίζει την 1η Ιανουαρίου του επομένου της κλήρωσης έτους.
- Το Πρωτοβάθμιο Πειθαρχικό Συμβούλιο είναι αρμόδιο σε πρώτο βαθμό για τα πειθαρχικά παραπτώματα των μελών του Σ.Δ.Δ.Ε. και έχει την εξουσία επιβολής των ποινών της έγγραφης επίπληξης και του προστίμου. Αν το Πρωτοβάθμιο Πειθαρχικό Συμβούλιο κρίνει ότι πρέπει να επιβληθεί η πειθαρχική ποινή της διαγραφής από τον Σ.Δ.Δ.Ε. ή της προσωρινής ή μόνιμης στέρησης των δικαιωμάτων του εκλέγειν και του εκλέγεσθαι στα όργανα του Σ.Δ.Δ.Ε., παραπέμπει την υπόθεση στο Ανώτατο Πειθαρχικό Συμβούλιο.
- Το Ανώτατο Πειθαρχικό Συμβούλιο εκδικάζει:
α) σε πρώτο βαθμό, τις πειθαρχικές υποθέσεις, που παραπέμπονται σε αυτό από το Πρωτοβάθμιο Πειθαρχικό Συμβούλιο, σύμφωνα με την παρ. 4,
β) σε δεύτερο βαθμό, τις εφέσεις κατά των αποφάσεων του Πρωτοβάθμιου Πειθαρχικού Συμβουλίου και
γ) σε πρώτο και τελευταίο βαθμό, τις πειθαρχικές υποθέσεις των μελών του Κ.Δ.Σ. και των Διοικουσών Επιτροπών των Περιφερειακών Τμημάτων του Σ.Δ.Δ.Ε..